基本上超声内镜检查的禁忌症同普通内镜检查：
1、严重的心肺功能障碍；
2、上消化道大出血，病人处于休克危重状态；
3、怀疑消化道穿孔的患者；
4、精神病患者不能配合检查；
5、腐蚀性食管炎、腐蚀性食管炎的患者，在急性期是不做胃镜检查的；
6、有明显的胸腹主动脉瘤的患者；
7、脑血管病变急性期的患者。
为确保安全，患者应在检查前将既往病史、现病史、过敏史及用药史等相关信息如实告知医务人员，如目前正在服用华法林等抗凝血药或阿司匹林等抗血小板药，应及时告知医务人员，并遵医嘱服药。

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