药物过敏反应，部分患者可能会因检查前应用的相关药物而出现头晕、皮疹哮喘等过敏反应。检查后局部穿刺部位可能会发生感染、出血、穿孔等并发症，此时通常需应用抗生素或进行介入治疗、手术治疗等。
极少数患者检查后还可能会出现心律失常、心肌梗死、脑卒中、低氧血症或肺炎等并发症，尤其是高龄或存在危险因素患者更应提高警惕。部分患者即使已给予适量镇静剂，也有可能会因镇静效果不佳或配合度过低等，导致检查无法正常进行。
此外，如患者在检查过程中出现呼吸困难、低氧血症、低血压等症状，为确保安全，也可能会考虑提前终止检查。此外30%~40%的患者还可能会因无法获取足够的组织或细胞而导致检查失败。尤其在病变部位取材较为困难，出血周围组织损伤等并发症的发生风险较高，或患者配合度过低时，标本采集失败的可能性会更大。此时通常需再次进行超声内镜检查或换用其他检查方法。

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