受诸多客观原因限制，例如胎儿检查时持续不理想体位，不受控制的随意活动，羊水分布不均匀、胎儿骨骼干扰，孕妇腹壁脂肪干扰等因素，并不是每一个孕妇，每次超声检查都能发现，全部可能发现的胎儿畸形。胎儿正处于快速的发育结果，可以是良性的，也可以是不良的。每次筛查只能代表当时的情况，部分畸形需要胎儿出生后，生长到一定阶段，表现出相应的症状才可能发现。
此外即使做完所有的超声检查，胎儿畸形的检出率，也不可能达到100%。
受目前超声医学技术限制，胎儿耳朵、腕骨、掌骨、指骨，距骨、跖骨、趾骨、甲状腺，内外生殖器等众多人体结构，尚不能作为常规项目进行检查。另外任何超声都不能显示胎儿染色体，也不能检测胎儿智力、听力，视力、运动功能、代谢性疾病。已经显示的胎儿结构，不能说明其功能是否异常。检查如果发现异常或可疑异常，再或者您是高危孕妇，以及有过畸形胎儿分娩史的，都建议到医院做优生咨询，或全面的产前诊断。

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