一、对妊娠及胎儿的并发症。绒毛检查对母体或胎儿多少会有危险，部分受检者可能会出现，胎儿停育或流产的情况。
二、检查失败。双胞胎时，两个胎儿中可能只显示其中一个的结果。由于胎盘部位异常等原因，也有不适合进行绒毛采取的情况。还有部分患者，染色体检查不明确，可能会发生需重新进行绒毛检查的情况。
三、可能会引起胎儿的肢体缺陷。例如手指或脚趾缺失等，发生率大约为1/300。
四、极少的感染风险。

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