试验者空腹状态最好，次之应禁食2小时以上。为确保检查结果准确有效，检查前4周应避免服用抗生素、铋剂、质子泵抑制剂等药物。
医生扫描并打印患者检验条码分别贴于三个样品管上。患者平静吸气后向收集管内连续不间断吹气4-6秒，为零时气。而后用80毫升凉开水送服碳13胶囊，静坐20-30分钟后，在此期间禁食水，再向收集管内用相同方法，各吹气一次，吹气过程中嘱患者用力适度均匀，以防影响试验结果，呼气完毕后立刻旋紧采集试管盖子，封存结果，将同一受试者的三个待测样品管，用送检单卷好，并用皮套勒住。送检样品常温避光保存，小心防压，避免样品管的破碎，并检查封签、标注。
通过检测呼气样本中相应代谢产物含量，判断有无幽门螺杆菌，检查结果医务人员通常会在，下次复诊时告知患者。

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