口腔黏液囊肿最常见治疗方法包括手术、激光、冷冻等，一般要根据患者具体病因和患者身体状况，选择最佳、最合适的治疗方法。
如果外伤刺激引起的口腔黏膜损伤产生的囊肿，可以进行局部的冷敷或者是使用消炎药物在伤口局部进行涂布治疗。如果是黏液囊肿需要进行手术切除或者是用冷冻、激光治疗。口腔黏膜的黏液囊肿分为舌下腺囊肿和局部的小唾液腺来源的黏液囊肿。舌下腺囊肿是因为舌下腺导管发生损伤以后，出现的外渗性的或者潴留性的囊肿。舌下腺囊肿的治疗方法，一般是做手术切除，切除的范围需要包括一侧的舌下腺和囊肿，单纯切除囊肿是很容易出现复发的。
如果是局部的黏液囊肿，主要的治疗方法也是做手术的切除下唇和舌腹部的黏液囊肿。在做手术的时候，需要将囊肿完整摘除，还要摘除手术术野中可以看到暴露的唇腺，然后进行黏膜的缝合。在缝合的过程中，避免对邻近唇腺的导管再次的损伤，否则容易出现下唇黏液囊肿的复发。
在治疗结束以后，患者要按照医嘱定期复查，加强口腔卫生，在饮食方面注意清淡饮食，避免刺激性饮食，不要吃过硬或者过黏的饮食，这样可以大大地降低伤口感染的发生率。

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