该院康复中心是菏泽市成立早、规模大、设备齐全、技术一流的规范化康复治疗中心,是山东省康复治疗培训定点医院、菏泽市康复医学专业唯一市级重点学科、菏泽市残疾人康复技术指导中心、菏泽市工伤康复定点医院。
该中心临床康复规模化，分康复病房、成人康复治疗部、儿童康复治疗部、开设了全市首家运动康复门诊。
病区康复床位40张，成人康复治疗部面积1200多平方米，儿童康复治疗部400平方米。设有运动治疗室、作业治疗室、语言治疗室、理疗室、感统室、听统室、沙盘治疗室、游戏室、集训室、康复评估室、传统中医康复室等特色单元，拥有大型康复治疗设备。在全市首家开展神经溶解技术、肉毒毒素注射技术治疗肢体痉挛；首家开展导管球囊扩张技术治疗吞咽困难；特色治疗：间歇经口置管技术、悬吊训练技术、肌内效贴贴扎技术、肌筋膜触发点诊疗技术、SFMA整体评估技术、运动针刺疗法、眼针等。
治疗病种范围包括：脑卒中、脑外伤、脊髓损伤等中枢神经系统疾病导致的瘫痪、语言障碍、吞咽障碍、认知障碍；脑瘫；精神发育迟滞；孤独症；周围神经损伤；骨折术后关节活动受限；肌骨疼痛等。
