消化内科是菏泽市立医院重点科室，拥有一支经验丰富的专业学术团队，同时也是山东省优质护理服务示范工程示范单位，拥有一支具有良好职业素质的护理队伍，科室现有主任医师3名、副主任医师1名、主治医师4名、住院医师3名，其中硕士研究生学历3名，护理人员16名，其中副主任护师2名、主管护师6名、护师5名。科室在消化系统疾病的诊断和治疗方面有较强的综合实力，是全市消化专业治疗、教学、科研和预防保健的中心。
消化内科病房开放床位41张，消化内科专家门诊每年诊疗24000余人次，消化内镜室拥有先进的电子胃镜、电子结肠镜、电子十二指肠镜及相关治疗设备。每年诊治病人10000余人次，科室先后开展了近20项诊疗技术如胃肠道息肉内镜下高频电切除，胃肠道恶性肿瘤瘤体化疗药物注射治疗，食道贲门良、恶性狭窄的扩张及支架置入，消化道异物取出术，内镜下逆行胰胆管造影术（ERCP），鼻胆管引流术，内镜下胆道扩张、乳头肌切开术，胆道取石、碎石术，胆道支架置入术，食道曲张静脉硬化治疗、套扎治疗，胃底曲张静脉组织胶注射术，小肝癌B超引导下无水乙醇注射术，肝囊肿、肝脓肿B超引导下穿刺治疗，胃肠道肿瘤腹腔内化疗，阻塞性黄疸经皮肝穿胆道内外引流术，肝癌的栓塞化疗（TACE），及呼气试验诊断胃幽门螺杆菌等。
