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神经内科一直是菏泽市立医院重点科室，现有床位70张，医师18人，主任医师3人，副主任医师9人，主治医师4人，住院医师2人，其中硕士研究生9人。护理人员28人，康复技师4人，治疗范围：脑血管病、脊髓病、中枢系统感染、中枢系统脱髓鞘病、运动障碍病、癫痫、头痛、肌肉疾病等。
神经系统疾病诊断、治疗方面，技术先进（包括CT、MR及DSA等），效果可靠，达到国内先进水平。
病房内设有康复中心，是我市目前最早的康复中心，为肢障患者进行康复治疗提供了优良的保障。
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