神经外科为济宁市中医院重点建设科室，科室技术力量强大专业发展迅速医疗设备先进中医特色突出具有良好的医疗水平和服务理念是济宁市领先的具有中西医结合技能的神经外科科室科室现有现有副主任医师一名，主治医师三名，住院医师四名，均为硕士研究生。

科室配备了国际先进的神经外科专业微创高速电动力开颅系统、先进的双极电凝止血仪国内先进的气垫床电冰帽同时医院配有视频脑电图仪肌电图仪CT机核磁共振等先进检查设备

该院还具有全国最先进的DSA系统（数字化血管造影机）可以安全地为脑出血、脑梗塞、颅内动脉海绵窦瘘颅内动脉瘤动静脉畸形脊髓血管畸形等疾病的检查治疗提供设备保障科室采用微创技术治疗脑膜瘤脑胶质瘤脑胆质瘤神经瘤等疾病已步入省内先进水平该科还采用神经介入疗法治疗腰腿疼痛四肢无力等神经受损病人收到良好疗效其中周围性血管病（下肢动脉硬化闭塞症、下肢静脉栓塞、糖尿病坏疽、大隐静脉曲张、淋巴水肿）的介入及手术治疗处于济宁市领先水平。科室有专门的中医综合治疗室，各种手术术后配合中医、中药等治疗，在预防并发症、促进康复等方面有独到之处。

该院是全省急救主要成员单位医院设有急救中心ICU重症监护救治中心康复专科，建立了由急救中心—CT室—神经外科病房—手术室—康复病房的绿色通道保证了脑出血、脑梗塞及颅脑创伤的救治顺利和安全大大降低了病人的死亡率和致残率术后病人有专业康复师进行一对一康复治疗。