济宁医学院附属医院心脏外科分为心脏一科和心脏二科两个科室。
心脏外一科由著名心胸外科专家武广华教授组建并主持工作。心脏外一科着眼于技术一流、服务一流、设备一流、高起点、高水平发展的战略，全面开展心脏外科医疗、教学科研工作。近年来，科室规模不断扩大，专业技术不断提高，已经成为现代化大型心脏手术专业治疗中心。心脏外一科年手术量平均500余例，在国内、省内具有较大影响，被列为山东省重点学科。心脏外一科由乔衍礼教授任主任，聘国内著名心脏外科专家禇衍林教授为名誉主任。科室现有正教授3人，副教授2人，主治医师4人，硕士3人。
服务范围心脏外一科对先天性心脏病、心脏瓣膜病、婴幼儿心脏病的手术治疗有深入研究，并且在先心病的介入治疗和微创手术治疗方面特色突出，积累了丰富的临床经验，手术成功率达99%。2005年度开始面向全国实施“爱心医疗救助工程”，每年为特困家庭心脏病患儿免费手术治疗100例，全部成功康复出院，得到了社会各界一致好评，目前该项活动仍在进行中。2009年与省慈善总会联合开展为低保家庭先天性心脏病患儿施行救助，使那些因家庭困难看不起病的先心病患儿得到了及时的手术治疗，重获新生。“以我的诚信、爱心、责任心，还您一颗健康快乐的心”为科室宗旨，心脏外一科愿以“一流的技术”、“先进的设备”、“优良的服务”、“温馨的护理”、“优美的环境”、“合理的收费”，为广大心血管疾病患者服务。
医疗设备科室拥有国内一流的病房、手术室、监护室及先进的仪器设备，配有百级层流净化手术间和新生儿暖箱，storkIII型人工心肺机，Servoi呼吸机，DraggerPrimus麻醉机，菲利普MP70监护仪，Dragger工作吊塔，以及心输出量仪、主动脉内球囊反搏，双腔起搏器和进口全自动血气生化分析仪等。
论文及获奖心外一科在完成大量医疗工作的同时，积极开展临床研究工作。近年来开展了“双腔同种原位心脏移植术”、“单肺移植治疗心脏病”、“提高重症婴幼儿先心病手术疗效的研究”“提高肺动脉高压诊治水平的研究”等科研课题的研究，其中承担省卫生厅2项、省教委2项、市科委1项，完成并通过鉴定3项，获省、市级成果应用奖和科技进步奖3项，发表论文20余篇，出版专著、译著8部。同时不断吸取国内外各大医疗中心的经验，加强学术交流，同中国医学科学院阜外心血管病医院、南京医科大学附属南京第一医院、上海儿童医学中心等建立了良好稳固的协作关系，每年多次邀请国内外著名专家来科室讲学、手术及工作指导。
心脏外二科专业治疗各类心脏病，包括各种先天性心脏病、冠心病、动脉瘤、风心病等心血管疾病。心血管外科专业技术水平达到国内先进行列。
先天性心脏病——动脉导管未闭，房间隔缺损，室间隔缺损，法乐氏三联症、四联症，心内膜垫缺损，右室双腔心，右室双出口，单心房，单心室，大动脉转位，肺动脉闭锁，三房心，三尖瓣闭锁，三尖瓣下移，肺静脉畸形引流等。
后天性心脏病①风湿性心脏病：二尖瓣狭窄、二尖瓣关闭不全、主动脉瓣狭窄、主动脉瓣关闭不全。
②缩窄性心包炎，心脏粘液瘤，心包肿瘤及囊肿。③胸主动脉瘤，主动脉夹层动脉瘤，主动脉缩窄等大血管手术。
④冠心病、心绞痛、心肌梗塞，冠状动脉搭桥术、（体外循环与非体外循环不停跳冠脉搭桥术）。
医疗设备心脏外二科拥有国内一流的病房、手术室、监护室及先进的仪器设备，开放病床30张，配有百级层流净化手术间，storkⅢ型人工心肺机，Servoi呼吸机，DraggerPrimus麻醉机，菲利普MP70监护仪，Dragger工作吊塔，以及心输出量仪、主动脉内球囊反搏，双腔起搏器和进口全自动血气生化分析仪等世界先进的医疗设备。为心血管外科各项医疗工作提供安全、可靠的保障。
