济宁医学院附属医院呼吸内科分为呼吸内一科和呼吸内二科。
呼吸内一科为济宁市、济宁医学院重点学科、北京呼吸病研究所的协作单位。姜鲁宁主任医师为呼吸内一科学术带头人。本科先后承担山东卫生厅及省教委科研课题3项，承担济宁市科委课题15项，并与北京呼吸病研究所共同承担国家十五攻关课题“肺动脉栓塞的防治研究”。在鲁西南率先开展气道反应性测定诊断不典型哮喘、胸腔镜诊治胸膜疾病，经肺导管治疗难治性肺感染,无创通气治疗呼吸衰竭及睡眠呼吸暂停综合征（鼾症）、肺肿瘤化疗及肺动脉介入化疗。在机械通气救治呼吸衰竭方面积累了丰富经验，经胸腔镜局部用药治疗难治性良性胸膜疾病的研究达到国内领先水平，获济宁市科技进步二等奖。科研项目氨基胍对哮喘大鼠呼吸力学影响获山东省科委科技进步三等奖，近年来全科共发表学术论文近50篇。
自1995年以来应用有创和无创呼吸机抢救了一大批呼吸衰竭、急性呼吸窘迫综合征、重症哮喘，慢性阻塞性肺病，慢性肺源性心脏病患者，挽救了许多危重病人的生命，受到病人及家属们广泛赞扬。咯血病因繁多，对患者的生命造成威胁，大咯血患者随时有窒息死亡危险，对此科室开展了支气管动脉造影+栓塞术，挽救了许多大咯血患者的生命。肺部肿瘤的早期诊断、早期治疗对患者预后影响大，科室开展了经电子支气管镜盲检术、在ＣＴ定位下肺穿刺术等，提高了肺周围占位性病变及胸膜病变的诊治水平；开展了支气管镜下纵隔内病变针吸术，提高了纵隔内病变的诊断水平。开展了气道激发实验、肺弥散功能测定等，提高了对支气管哮喘、慢性阻塞性肺病及肺间质性疾病的诊断水平。新引进美国EXPRESS多导睡眠监测仪，对睡眠呼吸暂停及鼾症病人进行脑电，心电，睡眠呼吸事件，腿动等多个项目综合监测、分析、诊断，并应用AUTO-CPAP机进行治疗，投入临床实用1年来，诊治睡眠呼吸暂停及鼾症病近300例。
医疗设备设有电子支气管镜室、肺功能室及睡眠监测室，配有奥林巴斯电子支气镜及纤维支气管镜各1条，德国耶格及比利时麦迪大型肺功能仪2台、美国泰科及澳大利亚无创呼吸机6台，美国泰科多导睡眠监测仪，日本综合心电监护仪6台，美国经皮脉氧仪等精密仪器。
肺功能室：肺功能室建于1993年，有主管护师2名，配有德国产耶格牌肺功能仪及比利时麦迪牌大型肺功能仪各一台，可以测定肺通气功能，弥散功能，支气管激发试验及舒张试验。在鲁西南地区率先开展气道反应性测定诊断不典型哮喘，已完成检查6000例次，为临床诊断与治疗呼吸系疾病提供了科学依据。
电子支气管镜室：科室较早在济宁地区开展纤支镜检查术，配有日本产奥林巴斯纤支镜胸腔镜。先后开展了经纤支镜留置肺导管治疗顽固性肺部感染；纤支镜肺泡灌洗治疗肺部感染及诊断双肺弥漫性病变；针吸活检诊断疑难性肺部病变；纤支镜局部应用止血药物治疗顽固性大咯血；经纤支镜局部应用无水酒精、微波烧灼、支架置入术等治疗气管及支气管内良恶性肿瘤；环甲膜穿刺局麻提高纤支镜的应用率及耐受程度等。是鲁西南地区第一家开展应用纤支镜代替胸腔镜的医院，诊治了一些疑难性胸膜病变，经胸腔镜局部用药治疗难治性良性胸膜疾病的研究达国内领先水平。2002年引进日本奥林巴斯电子支气管镜，外径小，操作方便，病人痛苦小，视野清晰，可达肺内各亚段，肺内病变检出率高，为鲁西南目前最先进的电子支气管镜。
睡眠呼吸监测室：配备2007年美国泰科刚刚上市的ELIT多导睡眠监测仪及多台呼吸机，目前已诊治睡眠呼吸暂停综合症患者近300例。
康复中心：与美国泰科医疗器械公司合作，建立了呼吸疾病康复中心，进行常见呼吸疾病诊断和治疗咨询，宣传疾病防治知识，指导病人家庭规范用药，提供峰速仪、肺功能仪、雾化器、制氧机、无创呼吸机等产品，并给予应用指导。
济宁医学院附属医院呼吸内二科是一个集医疗、教学、科研于一体的临床科室。拥有一支技术力量雄厚、团结奋进、朝气蓬勃、富有爱心和人性化的医护队伍，“视病人如亲人，一切为了病人，让病人满意、放心”是呼吸内二科全体医护人员的服务宗旨。下设纤维支气管镜检查室、肺功能室等，现开放床位41张，有主任医师1人，副主任医师3人，主治医师2人，住院医师若干名，其中医学硕士5人。
呼吸内二科是以其独特的医疗技术水平已成为医院里的重点科室，尤其在以下方面更为突出：
1.肺血管疾病如肺栓塞、肺动脉高压的诊治，曾经承担“国家十一.五科技支撑计划重大课题——提高肺动脉高压诊治水平的研究”项目，诊治水平在山东省处于领先水平；
2.肺间质性疾病（如特发性肺间质纤维化、结节病、过敏性肺泡炎、药物及其他原因等）诊治在山东省处于先进水平；
3.支气管镜检查及介入技术（经支气管镜针吸活检（TBNA））技术娴熟，经验丰富，进一步提高了对支气管肺疾病及纵隔占位、淋巴结肿大等病变如结节病、纵隔型肺癌的诊治，在鲁西南处于较高水平；
4.CT引导下肺穿刺活检术的广泛开展，使肺部肺疾病的诊断水平进一步提高；
5．疑难、复杂、少见病的诊断和治疗积累了丰富的经验；
6．支对气管扩张等疾病引起的咯血特别是大咯血采用支气管动脉造影+栓塞术等治疗，止血效果显著，病人恢复快；
7．重症感染性疾病的诊治经验丰富，真菌感染（曲霉菌等）的诊治水平进一步提高；
8．对胸腔积液和气胸：采用微创（胸腔镜等）治疗，尤其对恶性胸腔积液的治疗效果好，费用低，可大大缩短病人的住院时间，减少患者的经济负担和精神压力。
医疗设备设有电子支气管镜室、肺功能室，配有奥林巴斯电子支气镜及纤维支气管镜各1条，德国耶格及比利时麦迪大型肺功能仪2台，美国SMARTAIR无创呼吸机1台，排痰仪1台，综合监护仪4台。
