麻醉科、手术室始建于1986年，现有医护人员33人，其中麻醉博士3人，硕士10人，人才梯队合理，技术力量雄厚。科室现为中华医学会小儿麻醉培训基地，中国心胸血管麻醉学会小儿麻醉分会常委单位，麻醉科为医院临床、教学和科研于一体的重要科室，现开放八个现代化层流洁净手术间，年手术麻醉量10000余例。麻醉科环境舒适、设施先进，具有国内先进的层流洁净手术间和麻醉后恢复（监护）室，拥有先进的医疗设备（如：飞利浦中央监护系统，德国德尔格公司生产的primus麻醉工作站5台，欧美达7900及其他麻醉机8台，德国NT麻醉深度监测仪，日本PENTAX儿童纤支镜，以及小儿腹腔镜、膀胱镜、大型C型臂，手术显微镜，美国威力电刀等）。近年来承担市级以上科研课题5项，在国家级核心期刊发表论文30余篇，主编专著4部，发明专利4项。
主要开展项目：1.麻醉科负责全院的手术麻醉及危重病人抢救任务，开展心血管外科、普外科、新生儿外科、胸外科、肿瘤外科、微创外科、泌尿外科、骨外科、神经外科、耳鼻喉、整形烧伤外科、眼科、口腔等手术麻醉。对婴幼儿急诊手术麻醉、严重创伤、各种严重休克的疑难危重病人具有丰富的抢救经验（曾对仅680克的新生儿成功实施麻醉）。尤其在婴幼儿先天性心脏病手术的麻醉和小儿气道内手术的麻醉方面较为擅长，具有自己的特色。
2.手术室外与内科相关科室开展多项无痛诊疗技术如：小儿无痛胃镜检查治疗、无痛肠镜检查治疗、无痛纤支镜检查治疗、无痛心血管介入检查治疗、肺血管畸形介入封堵治疗等；
3.门诊检查镇静包括：CT及磁共振、眼底检查、超声检查等；
4.开展多模式术后镇痛如：病人自控镇痛(PCIA)、护士或家长控制镇痛（NCA）、持续硬膜外镇痛(PCEA)、骶管内镇痛、周围神经阻滞镇痛等，确保了患儿围术期的安全和舒适，得到家长的充分认可和支持，使该院已成为“无痛医院”和“舒适化医院”。
