医院成立由医学、药学、管理、院感等专家组成的药事管理委员会，贯彻执行《药品管理法》、《处方管理办法》、《医疗机构药事管理暂行规定》等有关法律、法规。下设药物不良反应监测管理小组、特殊药品管理小组、抗菌药物管理小组、医院制剂管理小组等，日常办事机构设在药学部。
药学部主任实行聘任制，药学部主任（副主任）均具有药学专业本科以上学历并具有主任药师技术职务任职资格。
药学部设临床药师、临床药学、药品调剂、药品供应、药物制剂、药品质量监督等10个工作室。
作为卫生部临床药师培训试点基地之一，三年试点工作中在心血管、ICU、抗菌药物、内分泌专业培养了15名临床药师。医院领导高度重视，药学部精心组织，优选师资，药学带教老师具有博士、硕士学历，任主管药师以上职称，且理论基础扎实雄厚，专业技术和外语水平较高，均有从事临床药学工作的阅历，具备良好的政治素养医德医风和表达沟通能力，保障了带教工作的启动和运行。科室创造条件给予资助，临床实践务实探索，严格试点要求，加强过程管理，利用督导考核交流，促进不断提高。积极参与试点中教学药历、学员考核方案等模拟；参与部分专科临床药师培训指南编写；参与“临床药师培训带教实例”专题片拍摄；参加全国培训试点基地学员结业考核专家组工作等。在试点中探索出符合在职临床药师培养目的的教学模式和经验。
作为卫生部临床药师制试点医院之一，药学部积极参与试点工作，选派5名临床药师分别到心血管、ICU、内分泌、肾内、肿瘤等五个专业，按照试点方案开展工作。在医院针对临床药师制工作制定了相关工作制度、管理规定后，药学部为其配套制定了管理规范，编制了临床药师工作用表。临床药师融入到临床医疗团队中，从诊断到治疗全过程分管病人，保证有足够的时间在临床参与临床用药实践，在临床实践中运用药学专业知识，提高对患者服务质量，提高用药安全保障能力。在保证必要的工作条件、争取学习机会、处理协调各方面关系中药学部及时给予解决，为临床药师提供基础保障。
药学部作为山东大学临床药学硕士点，借鉴两项培训试点的经验，为培养以临床药师为目标的硕士研究生给予了极大的帮助，在建立科学、规范、先进的教学规程，探索培养临床药学研究生的教育模式，提高教学水平得到受益。
1.科室文化与人才培养科室发展注重学科建设和药学整体水平的提高，强调岗位的工作质量与药学技术服务的全面提升。倡导药师立足本岗位，向药物治疗学分科专业深层次发展，形成各自专长。营造多岗位多分支团结协作的良好氛围，使药学团队的整体实力和荣誉中体现着每位药师在岗位上所做的贡献并展示其综合素质的提升。
2.临床药学工作全员化为使临床药学工作可持续发展，强调全体药师参与各岗位药学技术服务,将临床药学工作溶于全程药学服务中。通过“三无”原则，即服务对象无选择、服务内容无大小、服务范围无应否，使临床药学工作由面到点、由浅到深，从起步向可持续性发展运行，工作室之间和药师之间形成互动配合的整体。调剂岗位加强对处方和医嘱用药的审查，为患者进行正确使用药物的交代，接受药物咨询服务，开展药物不良反应的监测和分析；临床药师进行专业培养，积极参与临床治疗团队工作,面对患者参与药物治疗；为临床提供必要的药学信息和技术服务；积极参与科教研工作，与临床联合进行科研课题的研究，通过多方位开展的药学技术服务，发挥新医疗模式下诊疗团队中药师的作用。
3.科学规划、管理伴随着社会的进步和医学的发展，医院药事管理的专业技术性、临床实践性、信息指导性和行政职能性能日渐突出。传统的管理方法难以适应，药学部结合实际情况制订长期、任期综合目标责任的中期规划和年度工作计划。在组织实施中，药学部不断调整架构布局，对工作进行科学合理地分工，形成了主任领导下的团队管理，实现了从部、工作室、党、团、工会所有工作单元的分工负责制，建立起管理网络，使开展的各项工作得以从不同环节、不同的切入口、由点到面的全体员工共同参与的良性运行，保证了工作顺利开展。
4.建立健全规范的药品采购工作程序药品采购工作中严格依法执业，参加药品集中采购工作。医院基本药物保证供应；新引进药品严格通过资料审查、临床专家审查会推荐、药事管理委员会及专家评审程序；对临床医疗特需药品严格执行“绿色通道”审批程序，保证临床用药的可及和品种的优选，为临床用药把好首关卡。
药学部具有较强教学、科研实力和丰富的研究经验，近年来取得2项国家专利，4项新药证书。获得山东省科技进步奖3项、山东省医学科技进步奖4项，山东药学科技奖3项，山东省中医药科技进步奖2项。目前省部级在研课题7项。
在国内外药学杂志发表论文百余篇，其中SCI收录4篇。主编、参编论著二十余部。
组织药师参与国内各级药学学术团体的活动，并在相关学会、协会任职：中国药学会理事、名誉理事；中国医院协会药事管理委员会副主任委员；山东医院协会药事管理委员会副主任委员；山东省药学会常务理事、理事、副秘书长及多个专业委员会担任副主任委员；山东药理学会任常务理事、副秘书长，临床药学专业委员会任主任委员；山东医学会临床药物管理专业委员会副主任委员；山东卫生经济学会理事、药物经济专业委员会副主任委员；山东生物医学工程学会任理事等。任《中国药房》杂志、《中国医院药学》杂志、《中国药业》杂志、《中国药物与临床》杂志、《药物不良反应》杂志、《齐鲁药事》杂志编委、常务编委、副主编等。
获得中国医院药事管理优秀奖；全国省级综合性医院文化建设先进集体；山东省直机关颁发的青年文明号；山东省ADR中心颁发的药物不良反应监测先进集体；济南市药监局颁发的放心药房。2人获中国药学会全国医院药学杰出新秀奖；3人获中国药学会全国优秀药师奖；2人获山东省药学会全省医院药学杰出新秀奖；1人获山东省委、省府抗击非典三等功；1人获山东省科协学会工作贡献奖；1人获全省卫生系统“帼国建功岗位明星”；1人获全国省级综合性医院文化建设先进个人等。
