阴茎短小需要针对不同的病因采取不同的治疗方法。
儿童阴茎短小一部分为隐匿性阴茎，另外部分儿童阴茎短小且较细，需要到内分泌科进行染色体、性激素检查，确定并找到阴茎发育短小的原因。儿童阴茎短小多考虑孩子的生殖器发育异常或体内的激素水平下降而引起，首先要检查下丘脑的核磁共振以及睾丸的彩超和体内的雄性激素水平，做出明确的诊断后来选择药物从而促进阴茎达到一个正常发育状态。
成年男性的阴茎长度在未勃起的时候是5～6cm，勃起时长度是疲软时的2倍。造成阴茎短小的因素，既有先天性的，也有后天性的。常见原因有：遗传、肥胖、睾丸发育不全、睾丸炎、隐睾症等症及性激素不足，如果确定为阴茎短小则需根据引起阴茎短小的具体原因进行治疗。

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